回答

　一、计税依据政策

　　1、财税〔2016〕43号(现行有效)《关于营改增后契税、房产税、土地增值税、个人所得税计税依据问题的通知》第三条规定:

　　土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入

　　2、国家税务总局公告2016年第70号(现行有效)《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》第一条规定：

　　营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额;适用简易计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税应纳税额。

　　为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算，房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目的，可按照以下方法计算土地增值税预征计征依据：

　　土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款

　　二、计征依据不同纳税差异

　　从上述政策可以看出，土地增值税计征依据有两种，一是不含增值税收入，二是预收款-应预缴增值税税款。此两种方式会存在纳税金额差异。

　　假设预收款10000万元，土地增值税预征率1%，则：

　　以不含增值税收入作为计算依据，应预缴的土地增值税为：

　　10000÷(1+9%)*1%=91.74万元

　　以预收款-应预缴增值税税款作为计税依据，应预缴的土地增值税为：【10000-10000÷(1+9%)*3%】*1%=97.25万元

　　两种计征依据计算的应预缴的土地增值税差额为97.25-91.74=5.54万元。

　　显然，按照不含增值税收入作为土地增值税的计征依据对企业有利。

　　三、两种计征依据效力分析

　　1、营改增后，为明确土地增值税的计税依据，由财政部和国家税务总局发布财税〔2016〕43号，很明显该文件属于实体法。文件中确定的土地增值税的计税依据为不含增值税收入为原则性的规定。

　　2、国家税务总局公告2016年第70号由国家税务总局独家发文，属于操作行层面的程序法。

　　70公告中第一条中的前半段描述，明确了土地增值税的计税依据为不含增值税收入，这是对增值税计税依据的进一步明确，并没有否定〔2016〕43号的规定。

　　70号公告后半段描述，是为方便纳税人，简化土地增值税预征税款计算，可按照预收款-应预缴增值税税款作为土地增值税预征计征依据。在此，可以看出，是给了纳税人另外一种计算方法，是可以而不是必须。

　　四、纳税人对计征依据的选择

　　根据实体法效力大于程序法效力，纳税人选择按照财税〔2016〕43号文件，以不含增值税收入作为土地增值税计征依据完全合法。

　　当然，国家税务总局公告2016年第70号给出了另外一种计算方法，企业根据自身情况也可以选择。

　　根据财法字〔1995〕6号(现行有效)中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则第十六条纳税人在项目全部竣工结算前转让房地产取得的收入，由于涉及成本确定或其他原因，而无法据以计算土地增值税的，可以预征土地增值税，待该项目全部竣工、办理结算后再进行清算，多退少补。具体办法由各省、自治区、直辖市地方税务局根据当地情况制定。可见土增税预征具体办法的权力在各各省、自治区、直辖市税务局，如果当地有明文规定的，需按照当地文件执行。